Dne 28. června 2004 předala CPA suverenitu Iráku do rukou dočasné vlády, jejíž prvním rozhodnutím bylo započetí soudu se Saddámem Husajnem. Boje s iráckými povstalci ale stále pokračovaly. Nová vláda začala připravovat vypsání voleb, ale povstalecké útoky a nedostatek soudržnosti samotné vlády vedlo ke zdržením.
Jedním z důsledků existence slabé vlády byl vzrůst moci sektářských milic. Důkazem toho byla například situace, kdy Muktadá Sadr získal kontrolu nad městem Nadžáf. Poté, co vyjednávání mezi Sadrem a vládou selhalo, vláda požádala o pomoc koalici. V červenci a srpnu tak bojovaly koaliční síle proti Mahdího armádě v bitvě o Nadžáf, která vyvrcholila obléháním mešity imáma Alího. Boje skončily, když ajatolláh Sístání vyjednal mír.